windows xp si è perso il file system

[Guru]

Ho un problema col desktop, all'avvio mi ha comunicato che il file system è danneggiato o assente.

A questo punto mi consiglia di utilizzare il cd d'installazione per effettuare il ripristino.

Sul pc ho una partizione per effettuarlo, ma nella schermata mi comunica che la procedura ristabilirà applicazioni e driver della configurazione originale, mentre sarà necessario reinstallare o configurare quelle successive.

Mi confermate che, se avvio il ripristino, ogni programma installato andrà perso?
Che io sappia rimarranno, però, tutti i dati salvati, giusto?

Non c'è un sistema indolore per ripristinare solo il file danneggiato senza perdere le installazioni effettuate?
Mi vien male a pensare a tutto il lavoro che dovrei fare.

Grazie.